COVID-19 各種データ勝手グラフ化
国内感染の状況（実効再生産数）

　2022-10-10 グラフ更新終了。

能書き（経緯）

　巷で噂の「新型コロナウイルス感染症 COVID-19」。
　そのまん延・拡大状況は、衆目の関心事のひとつなんじゃないかと思います。
　関連して様々な人たちの観察や分析、評価、見解、意見などが飛び交い、行政も各々が場当たり的に「警戒レベル」なんてものを編み出しては注意喚起に明け暮れて来た中で、当初から「実効再生産数」という数字が、まん延・拡大の現在状況を評価し、その後の対策・施策判断の拠り所とするための重要指標、あるいはコントロールされるべき指標として、感染症・疫学分野を中心とした人たちにより頻繁に語られ、伝えられてきました。
　このことに、私は極めて強い不快感を抱いています。その不快を語る上では、実効再生産数がこれまでどのような値を取り、何を描き出してきたのか、履歴を押さえていく必要があります。
　実効再生産数の履歴情報を一般に向け継続的かつ全国網羅的に公開提供してくれている情報源はあまり多くないように思えます。代表的なものとして株式会社東洋経済新報社提供のWEBサイト「東洋経済オンライン 新型コロナウイルス 国内感染の状況」が挙げられ、大変有用なのですが、前述の目的に照らすとレイアウトなどの面でやや扱い難さがあります。そこで、同サイトで公開提供されている元データ（CSVデータ）を拝借し、独自構成によるグラフ化を試みているのが本ページです。
　実効再生産数の推移を新規感染者数に照らして俯瞰できるよう、両者を1枚のグラフに重ね描きしています。都道府県別でも描いていますので、ある程度、都道府県別の傾向や課題の違いを比較して眺めていただけるのではないかと思います。

　お約束ですが。資料の内容については一切責任は負えませんのでよろしくご承知おきください。
　間違いとかありそうでしたら教えていただけると助かります。

　なお当初本ページにおいて実効再生産数に対する自身の考えや放言を書き連ねていましたが、「資料を示す」というページ本来の目的が損なわれていたため、それらは別ページに分離しました。

データの出典

感染状況

株式会社東洋経済新報社提供のWEBサイト「東洋経済オンライン 新型コロナウイルス 国内感染の状況」 掲載のCSVデータ。

ライセンスは「商用・非商用を問わずご自由にお使いください。著作権表示は『東洋経済オンライン「新型コロナウイルス 国内感染の状況」』または『Toyo Keizai Online "Coronavirus Disease (COVID-19) Situation Report in Japan"』としてください。その他の具体的な基準はMITライセンスに準拠します。」だそうです。有益なデータを広く社会の利益に供される厚意と英断に敬意を表します。

採用されている簡易式の説明も掲載されています。

人口など

総務省統計局 WEBサイト「令和2年国勢調査」>「令和2年国勢調査　調査の結果」 からリンクされている、
e-Stat 政府統計の総合窓口「令和2年国勢調査」データセット 収録のXLSXデータ。

関連情報

東洋経済オンライン 「東洋経済が新型コロナ｢実効再生産数｣を公開 感染状況を示す指標､西浦･北大教授が監修」（野村 明弘 : 東洋経済 解説部コラムニスト 2020/05/22 5:00）

東洋経済オンラインさんがダッシュボードサイトへ実効再生産数を追加掲載するに際して執筆されたリリースノート的記事。

実効再生産数の簡易な解説や、簡易式の紹介などが含まれています。

GitHub contactmodel/COVID19-Japan-Reff 「Real-time estimation of the effective reproduction number of COVID-19 in Japan」

「専門家」西浦 博氏による実効再生産数解説記事を収録したGitHubプロジェクト。

英語です。が、収録されているPDF資料（日本科学技術ジャーナリスト会議「実効再生産数とその周辺」（北海道大学 西浦 博 2020年5月12日））は（英語交じりですが一応）日本語です。

防災リテラシー研究所 「神戸の窓から」>「コロナで学ぶエクセル６　実効再生産数Rtの計算」

東洋経済オンラインの簡易式による実効再生産数について、「Coriらの方法」による導出と比較検証した考察記事…というか、「表計算ソフトで計算してみました」と報告するコラム記事。

京大 山中伸弥教授が熱心に情報発信されていた頃に公開されていた記事（既に廃止され失われています）を参照されています。

とりあえずこの記事の限りでは良い一致を見せているようです。

国立感染症研究所 WEBページ 「病原微生物検出情報」>「COVID-19感染報告者数に基づく簡易実効再生産数推定方法 (IASR Vol. 42 p128-129: 2021年6月号)」

「専門家」脇田 隆字氏率いる国立感染症研究所による、「簡便にRtの近似値を算出する方法を紹介し, その精度を検討」する考察記事。

採用している簡易式は東洋経済オンラインのものとは少し違っていますが、定数に違いがあるだけで、考え方や様式は似通っているようです。

東洋経済オンラインのものとの検証比較は未了です。

グラフ

　参照しているデータには時系列上の不連続が存在ます（途中で定義や集計方法、データソースが変更されるなど）。出典元サイトでは期間ごとにグラフの描画色を変えるなどしてそれを図示表現していますが、本ページでは区別して表現できていません（技量とパワーが不足してます…）。その点、くれぐれもご留意下さい。不連続の詳細については出典元サイトをご確認下さい。
　現在試行的に、グラフ中にデータ不連続発生事由を表示しています。出典元サイトの説明を元にしているつもりながら、適用範囲が定かでなかったり説明どおりに図示表現されていないように見受けられるなど解釈の難しい部分があり、誤りを含む可能性がおおいにあります。ご容赦下さい。

　参照しているデータはまた、古い情報が揃っていません。項目や都道府県にもよりますが、2020年3月中旬以前はかなり欠落していて参考になりません。累積数の帳尻合わせでデータ記録開始日（3/11や3/18のものが多くあります）に大きな数字が積み上がっていたりします。そういうデータだとご理解下さい。

　実効再生産数の値は東洋経済オンライン採用の簡易式によるもので、自前計算ではなく同サイト公開提供のCSVデータによります。両者の一致は確認済みです。

　{全国} {東京都 大阪府} {埼玉県 千葉県 神奈川県 愛知県 兵庫県 福岡県} {北海道 岐阜県 静岡県 京都府 広島県 熊本県 沖縄県} については、縦軸の範囲が他と違っています。

ジャンプ：

全国 北海道 青森県 岩手県 宮城県 秋田県 山形県 福島県 茨城県 栃木県 群馬県 埼玉県 千葉県 東京都 神奈川県 新潟県 富山県 石川県 福井県 山梨県 長野県 岐阜県 静岡県 愛知県 三重県 滋賀県 京都府 大阪府 兵庫県 奈良県 和歌山県 鳥取県 島根県 岡山県 広島県 山口県 徳島県 香川県 愛媛県 高知県 福岡県 佐賀県 長崎県 熊本県 大分県 宮崎県 鹿児島県 沖縄県

都道府県	検査陽性者数 実効再生産数
全国
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履歴（覚えている目立ったもののみ・グラフは日々更新）

2022-10-10

• 東洋経済オンラインサイトでの公開データ掲載内容変更を機に本ページのグラフ更新終了（メンテナンスの潮時と判断）。

2022-08-26

• 縦軸範囲見直し（検査陽性者数：{全国}=0:300000 {東京都 大阪府}=0:50000 {埼玉県 千葉県 神奈川県 愛知県 兵庫県 福岡県}=0:25000 {北海道 岐阜県 静岡県 京都府 広島県 熊本県 沖縄県}=0:10000 その他=0:5000）。

2022-08-11

• 縦軸範囲見直し（検査陽性者数：{全国}=0:300000 {東京都 大阪府}=0:50000 {埼玉県 千葉県 神奈川県 愛知県 兵庫県 福岡県}=0:25000 {北海道 静岡県 京都府 広島県 沖縄県}=0:10000 その他=0:5000）。

2022-08-06

• 縦軸範囲見直し（検査陽性者数：{全国}=0:250000 {東京都 大阪府}=0:50000 {埼玉県 千葉県 神奈川県 愛知県 兵庫県 福岡県}=0:25000 {北海道 静岡県 京都府 沖縄県}=0:10000 その他=0:5000）。

2022-07-23

• 縦軸範囲見直し（検査陽性者数：{全国}=0:250000 {東京都}=0:100000 {埼玉県 神奈川県 愛知県 大阪府 福岡県}=0:25000 {北海道 宮城県 茨城県 千葉県 岐阜県 静岡県 京都府 兵庫県 広島県 熊本県 鹿児島県 沖縄県}=0:10000 その他=0:2500）。

2022-02-10

• 東洋経済オンラインにおいて「2022年1月1日からの実効再生産数について、主流となったオミクロン株の状況を反映するため、計算式の「平均世代時間」を従来の5日間から2日間に変更しました。」との変更が入りました。当サイト掲載のグラフは同社の公表値に基づいて描いているため、本日からは変更後の値での描画になっています（2022-01-01〜2022-02-09の期間について、昨日まで描いていたものとは値が変わっています）。同社採用の簡易式は「（直近7日間の新規陽性者数／その前7日間の新規陽性者数）^（平均世代時間／報告間隔）」であるため、変更により縦軸の乗数が小さくなったことになります。「【2022年2月10日注記】2022年1月1日からの実効再生産数について、計算式の「平均世代時間」を従来の5日間から2日間に代えて計算している。主流となったオミクロン株における平均世代時間が従来株より短くなったことに対応することが目的。またそれに伴い、従来、平均世代時間を5日間としていたときの近似と比較して、1週間に2世代以上が入りやすいことになり、実効再生産数の近似としては精度が落ちやすいことに留意する必要がある。また、これらの変更はすべての感染者がオミクロン株によって生じていると想定している。これはオミクロン株が多くを置き換えたころには妥当な想定であるが、これまでの変異株等が残存する中でオミクロン株が淘汰されることがある場合には再度分析手法を検討することを要する。」とのことです。（個人的には辻褄合わせの場当たり対応に見えます。が、変化の傾向が変わるわけではありません。実効再生産数としての精度の如何は知ったこっちゃありませんが、簡易式に照らすと縦軸の誇張度が変わるだけです。ただ、昨年末までのデータとは不連続となり、絶対値の直接比較はできなくなりました。要するに「今年分からは別の感染症として扱うようになった」ということです。）

2022-02-03

• 縦軸範囲見直し（検査陽性者数：{全国}=0:200000 {東京都 大阪府}=0:25000 {北海道 埼玉県 千葉県 神奈川県 愛知県 京都府 兵庫県 福岡県}=0:10000 その他=0:2500）。

2022-01-24

• 縦軸範囲見直し（検査陽性者数：全国=0:100000・北海道=0:2500・埼玉県=0:5000・千葉県=0:5000・東京都=0:20000・神奈川県=0:10000・静岡県=0:2500・愛知県=0:5000・京都府=0:2500・大阪府=0:10000・兵庫県=0:5000・広島県=0:2500・福岡県=0:5000・沖縄県=0:2500・その他=0:1000）。

2022-01-17

• 縦軸範囲見直し（検査陽性者数：広島県=0:5000）。

2022-01-10

• 「能書き（放言）」他、放言要素を別ページに分離（本ページの本来の目的が損なわれていると思えたため）。
• これに伴って「能書き（経緯）」および「関連情報」改訂。
• 「人口」および「人口密度」情報の出典を「令和2年国勢調査」に変更。

2022-01-09

• 「能書き」を「（経緯）」と「（放言）」に分離し、加筆。

2022-01-08

• 本ページをリリース。
• 縦軸範囲見直し（検査陽性者数：沖縄県=0:5000、実効再生産数：全て=0:10）。

2022-01-03

• グラフのサイズを変更（2000*1000px→3000*1000px）。

2021-08-26

• 縦軸範囲見直し（検査陽性者数：愛知県=0:5000・兵庫県=0:5000）。

2021-08-15

• 縦軸範囲見直し（検査陽性者数：全国=0:50000・東京都=0:10000・埼玉県=0:5000・千葉県=0:5000・神奈川県=0:5000・福岡県=0:5000）。（大阪府=0:5000は変わらず。）

2020-07-01

• 本ページ試作。